Herzog Ottos II. Söhne traten ein schweres Erbe an, doch war ihr Weg vorgezeichnet. Beide waren von ihrem Vater frühzeitig in die Politik eingeführt worden, der ältere hatte sich bereits in der Kriegsführung bewährt. Für beide waren schon im Knabenalter Gattinnen auserwählt worden, entsprechend dem doppelpoligen Charakter der bayerischen Politik, für den in Heidelberg geborenen und im deutschen Westen beheimateten Ludwig Maria, die Tochter Herzog Heinrichs von Brabant, für Heinrich Elisabeth, die Tochter König Belas IV. von Ungarn, mit Rücksicht auf Bayerns Interessen im Osten. Im Sommer 1255 begab sich Heinrich zum zweiten Male zu seinem Schwiegervater, bei dem er 1253/54 fast ein Jahr geweilt hatte, um für dasselbe Ziel wie damals zu wirken, die Gewinnung der Steiermark, die Bela seit dem mit Ottokar geschlossenen Frieden von 1254 in der Hand hatte, wie früher ohne Erfolg. Die beiden Brüder waren gleichberechtigte Erben. Es war ihre Absicht, gemeinsam zu regieren, wie ihre ersten Regierungshandlungen beweisen. Allein es kam sehr rasch zu Differenzen. Im Herbst 1254 versprachen sie sich noch gegenseitig, ihre Herrschaft einträchtig auszuüben. Etwa ein halbes Jahr später, um Ostern (28. März) 1255, schritten sie überraschend zur Teilung. Sie betrachteten sichtlich die in ihren Händen vereinigte Gesamtmasse an Gütern und Rechten als ihr ererbtes Eigentum und verfügten in diesem Sinn darüber, wie der Bauer über seinen Hof, entsprechend der Bildung des Territoriums, die persönlicher Leistung zu verdanken war, und auch veranlasst durch die privaten Erwerbstitel, auf denen große Teile davon beruhten. Der Vorgang war in Deutschland ohne Vorbild. Es widersprach dem geltenden Reichsrecht, nach welchem die Fürstentümer unteilbar waren, doch wurde noch unter ihrer Regierungszeit der Teilungsgrundsatz von der Reichsgewalt anerkannt. Es wäre politisch sinnvoll gewesen und hätte dem Land viel Unheil erspart, wenn der eine der Brüder die Pfalzgrafschaft, der andere das Herzogtum übernommen hätte. Allein Ludwig war nicht gesonnen, sich auf die Pfalz, obwohl sie ihm vertrauter war als seinem Bruder, zu beschränken und sich mit der Pfalzgrafschaft und der mit ihrem Inhaber verbundenen Stellung des Reichsverwesers bei Thronvakanz und des ersten weltlichen Fürsten in Deutschland zu begnügen. Da das Herzogtum größer war als die Pfalzgrafschaft und die Stammgüter barg, begehrte er an ihm Anteil, und so wurde es zerlegt. Er erhielt zur Pfalzgrafschaft noch das obere Bayern, Heinrich das niedere. Mit diesen Teilen waren Ober- und Nieder-Bayern als politische Begriffe geschaffen. Nieder-Bayern war eine in sich ruhende kompakte Landmasse, ein weites Bauernland zwischen Freising und Landshut im Westen, Cham im Norden und Reichenhall im Süden, mit den alten AGILOLFINGER-Gauen und Herzogs-Pfalzen, mit vier Bischofssitzen mitten im Land oder an der Grenze, Salzburg, Freising, Regensburg, Passau, deren Inhaber als Reichsfürsten unabhängig waren und von Österreich und Böhmen umworben wurden und dort gegen den niederbayerischen Herzog immer Hilfe fanden, während Ludwig von Ober-Bayern mit Bischöfen weniger zu rechnen und keine Landesgrenzen gegen sie zu wahren und abzustecken hatte. Das Niederland war der Erbe der traditionellen bayerischen Ostpolitik, mit Beziehungen nach Ungarn und Böhmen, mit der Aufgabe, den wichtigen Grenzübergang nach Böhmen, die Further Senke, zu bewachen. Es war noch nicht ins Gleichgewicht gekommen, seit vom Block des Mutterlandes die Marken weggebrochen waren, namentlich seit das Land ob der Enns, bayerisches Altsiedelgebiet, verlorengegangen war, und besaß das natürliche Ziel, die Inn-Salzach-Linie wieder zur Mittelachse des Landes zu machen.
Die Teilung hatte schwerwiegende Folgen, deren nächste darin bestand, dass sich zwei Hauptstädte ausbildeten. An Regensburg, der bayerischen "houbestat" der Kaiserchronik, waren beide Brüder interessiert, sie übten dort burggräfliche Rechte aus, und die inneren Grenzen der Teil-Herzogtümer liefen hart an der Stadt vorbei, aber es war nicht gelungen, der Stadt ihren alten Charakter zu erhalten. Heinrich wählte Landshut als Sitz, das schon Vater und Großvater bevorzugt hatten und für das er im Jahre nach der Teilung eine in der Forschung vielbeachtete Polizei- und Marktordnung erließ. Beide Brüder hatten dem Reich und den Nachbarn gegenüber bayerische Interessen im Auge, aber diese deckten sich nicht. Heinrich hatte die böhmische und österreichische Frage zu lösen, Ludwig wurde durch die Pfalz und die staufische Tradition, um die hauptsächlich er sich annahm, auf die Reichspolitik hingewiesen. Wie das Ziel, so waren die Kräfte zersplittert, es mangelte an gegenseitiger Unterstützung und an Einheitlichkeit der Linie. Ein gemeinsames Anliegen war jedoch die vom Vater bereits eingeleitete Befriedung des Landes. Die beiden Brüder verglichen sich 1253/55 mit den Bischöfen von Regensburg und Salzburg, Freising und Passau. Über die Klöster, die in den Wirren viel gelitten hatten, ergoss sich in den ersten Jahren ihrer Regierung ein ganzer Segen von Gunsterweisungen. Mit dem Stadtbürgertum wurden Bindungen hergestellt. Heinrich krönte sein Befriedungswerk durch einen Landfrieden, den er für sein Herzogtum zusammen mit den Bischöfen von Passau, Freising und Bamberg im Jahre 1256 errichtete.
Der unberechenbare und gefährliche Nachbar der beiden Brüder, der in die Südost-Position der BABENBERGER und STAUFER in ihrem ganzen Umfang einzurücken versuchte und alle Länder zwischen dem Fichtelgebirge und der Adria in seine ausschweifenden territorialstaatlichen Pläne einbezog, war Ottokar II. von Böhmen, Gatte der Schwester Friedrichs des Streitbaren, Margarete von Österreich. Abgewiesene Erbansprüche auf Bogensches Gebiet, die vermutlich unter Berufung auf die böhmische Gattin Herzog Ludwigs erhoben worden waren, mussten ihm den Vorwand zu einem zweiten überraschenden Einfall geben, der ihn im August 1257, nachdem er sich im April zuvor des Bischofs von Passau in einem Vertrag versichert hatte, an der Spitze bedeutender Streitkräfte durch passauisches Gebiet bis in das Herz Nieder-Bayerns, bis südlich von Landshut, führte. Der vom Zaun gebrochene Feldzug scheiterte schmählich, dank der Eintracht und Wachsamkeit der Herzöge. Heinrich stellte den Eindringling und verlegte ihm den Rückzug, während Ludwig vom Rhein herbeieilte. Ottokar musste um Waffenruhe nachsuchen, die ihm gewährt wurde und es ihm ermöglichte, nach dem salzburgischen Mühldorf auszuweichen. Die Gegner folgten und brachten ihm beim Innübergang schwere Verluste bei. Er selbst konnte entkommen, während der größere Teil seiner Truppen in Mühldorf eingeschlossen wurde und erst nach Annahme der auferlegten Bedingungen freien Abzug erhielt. Ottokar musste Neuburg und Schärding preisgeben, auf Ried im Innviertel und auf das ehemals Bogensche Schüttendorf verzichten, in einem Frieden, den Ludwig, dessen Kriegstüchtigkeit sich wie 1253 bewährte und die Entscheidung herbeigeführt hatte, im November 1257 in Cham vermittelte.
Der Einbruch Ottokars, seine Verbindung mit Salzburg und Passau hatte die Gefahr, in der Nieder-Bayern schwebte, blitzartig geoffenbart. Trotzdem schwand das Einvernehmen zwischen den beiden Brüdern, Heinrich musste fortan die Last der Abwehr allein tragen, ohne Unterstützung durch Ludwig, der auch durch seine staufische Restaurationspolitik in seiner Entschlussfreiheit gehemmt war. Nach seinem Erfolg in Steiermark hatte Ottokar Schärding zurückgefordert und mit Krieg gedroht. Heinrich hatte sich abgesichert und noch im Jahre 1260 Braunau befestigen und dort in kürzester Frist eine Innbrücke bauen lassen, um einen Brückenkopf und militärischen Stützpunkt an der Aufmarschstraße ins Land ob der Enns zu gewinnen. Mit dem Kauf der kraiburgisch-ortenburgischen Eigengüter um Eggenfelden, Pfarrkirchen, Vilshofen und Griesbach das Jahr zuvor, 1259, und dem Gewinn der seit langem begehrten passauischen Lehen der BOGENER und ORTENBURGER im Jahre 1262 waren am unteren Inn klare Machtverhältnisse geschaffen und schien das passauische Tor für Böhmen geschlossen. Im Salzburger Bistumsstreit erschien Heinrich in der 2. Hälfte des Jahres 1262, unterstützt von salzburgischen Ministerialen, vor der Stadt, um Ulrich mit Gewalt zurückzuführen, eroberte den Stadtteil rechts der Salzach, brannte ihn, nachdem er die Burg nicht nehmen konnte, nieder und ließ oberhalb von Hallein eine Feste erbauen. Das Jahr darauf schritt, er noch vor Ablauf des Winters, ein zweites Mal zur Belagerung der Salzburg, musste aber, als Ottokar anrückte, davon abstehen, zumal sein rücksichtsloses Eingreifen ein Spaltung der Bürgerschaft und Ministerialität bewirkt hatte. Die Folge war ein Aufstand in der Stadt, bei welchem schließlich die Gegner Philipps die Oberhand behielten und diesen zwangen, die Stadt zu räumen, so dass im Februar Ulrich an der Seite Heinrichs in Salzburg einziehen konnte. Nur vier Monate waltete er seines Amtes, dann resignierte er, in Erkenntnis seiner "Unzulänglichkeit und der menschlichen Bosheit". Heinrich hatte, obwohl Sieger, die Partie verloren. Der Erfolg Ottokars schuf eine für Bayern gefährliche Situation. Gedeckt durch die Kurie, die Bischöfe von Salzburg und Passau und durch seine neue Stellung im Reich, durch den Rückhalt, den er an RICHARD VON CORNWALLIS besaß, seit er sich im September 1262 eindeutig zu ihm bekannt hatte, bereitete Ottokar einen Schlag gegen Bayern vor, der vernichtend gedacht war. RICHARD hatte ihm im Besitz von Böhmen und Mähren bestätigt und ihn mit Österreich und Steier belehnt. An der Wende des Jahres 1265 übertrug er ihm das Reichsvikariat rechts des Rheins und damit den Schutz des Reichsgutes und die Wahrnehmung der königlichen Rechte bis zu seiner Ankunft in Deutschland. Die Auswirkungen bekamen die beiden WITTELSBACHER zu spüren. Der militärische Schlag des Böhmen gegen Bayern misslang. Er musste über Eger den Rückzug antreten, indes Heinrich feste Plätze im Mühlviertel brechen ließ. Heinrich vermied eine direkte militärische Begegnung, da er Ottokar nicht gewachsen war und sein Bruder ihn nicht unterstützte. Auf eine Mahnung von höchster kirchlicher Seite und unter dem Einfluss seiner Gattin Kunigunde von Ungarn, einer Nichte der niederbayerischen Herzogin, ließ sich Ottokar 1267 zu einer Versöhnung mit Heinrich herbei, die freilich nur vorübergehend war. Als aber dann, nachdem er auch das Spanheimische Erbe an sich gebracht und Krain und Kärnten gewonnen hatte, König Stephan von Ungarn dem böhmischen Druck, der nunmehr von Mähren bis Istrien reichte, mit Waffengewalt zu begegnen suchte und in Österreich und Steiermark einbrach, während Herzog Heinrich im Frühjahr 1271 zur Unterstützung seines Schwagers vom Westen her vorrückte und das Land ob der Enns von Vöcklabruck bis Wels verheerte, entstand für Ottokar eine Situation, die zu einem ernsten Wandel seiner bayerischen Politik führte. Der doppelten Gefahr nicht gewachsen, verstand er sich zu einem kurzdauernden Frieden mit Ungarn im Juli 1271, der auch Bayern mit einschloss und der Ausgangspunkt für eine Sonderabmachung mit Bayern wurde, die bis in die letzten Jahre Ottokars Bestand war und ihm Rückenfreiheit gegen Ungarn verschaffte. Auch Heinrich strebte nach einem Ausgleich. Die Krankheit an der Nieder-Bayern litt, war nicht bloß Ottokar und sein Machtstreben allein, sondern der Rückhalt, den der Böhme an den bayerischen Bischöfen genoss. Im Frieden von Anfang 1273 rückte Ottokar erstmals, ein Erfolg Heinrichs, von den bayerischen Bischöfen ab. Heinrich opferte das ungarische Bündnis, das als Druckmittel für ihn wertvoll gewesen war, aber ihn bisher nur Opfer gekostet hatte. Er verzichtete auf territoriale Apirationen in der gesamten Ländermasse Ottokars, also auch auf den 1268 ererbten Besitz Friedrichs des Streitbaren von Österreich. Im einzelnen gab er den ererbten Lehensbesitz um Schüttenhofen und Winterberg preis, während er seine Güter in der Wachau behauptete. Ottokar verzichtete seinerseits auf alle Ansprüche auf Güter und Rechte in den Grafschaften Bogen und Deggendorf und auf die Burgbezirke Schärding, Floß und Parkstein. Die Burg Ried im Innviertel blieb in seinem Besitz.
Heinrich erkannte 1273 RUDOLF VON HABSBURG nicht an. Die Misshelligkeiten wegen der siebenten Kurstimme, in deren Ausübung er mit Böhmen konkurrierte, gefährdeten sein böhmisches Bündnis nicht. Im Oktober 1274 traf er sich mit Ottokar in Pisek. Gleich ihm blieb er dem Nürnberger Reichstag vom 19. November fern, auf dem unter dem Vorsitz des Pfalzgrafen, wie es üblich war, wenn ein König Klage erhob, die Reichsgüterrevindikationen eingeleitet wurden, von denen Ottokar mit Österreich, Steiermark, Kärnten, Krain, dem Egerland, der Windischen Mark (= Unterkrain) und Portenau (Pordenone, westlich von Udine) betroffen war. Damit war die böhmische Frage, die für RUDOLF eine Existenzfrage war, aufgerollt. War Ottokar auch nicht mit Namen genannt worden, so wusste jedermann, dass er gemeint war. Eine zweite Klage richtete sich direkt gegen ihn, da er noch nicht um Belehnung nachgesucht hatte. Es wurde entschieden, dass, wer seine Lehennahme ohne rechtmäßigen Grund über Jahr und Tag versäume, seine Lehen verwirkt habe. Von dieser Entscheidung war Heinrich mitbetroffen, da er sich gleichfalls noch nicht hatte belehnen lassen. Dennoch blieb er wie Ottokar auch dem Würzburger Reichstag vom 23. Januar 1275 fern. Als ihm daraufhin von RUDOLF mit Klage vor dem Fürstengericht gedroht wurde, ließ er sich dazu herbei, den Augsburger Tag vom Mai 1275 mit Vertretern zu beschicken, im Gegensatz zu Ottokar, gegen den diesmal die Entscheidung fiel. In eben dem Augenblick, in dem durch RUDOLF die Frage der Zukunft des Babenbergischen Erbes noch einmal gestellt wurde und eine endgültige Entscheidung sich anbahnte, gingen die beiden wittelsbachischen Brüder getrennte Wege. Die Gegensätze hatten sich durch Heinrichs Hinwendung zu Ottokar und infolge des durch die Wahl RUDOLFS neu belebten Streites um die beiden Fürstentümer und die daraus fließenden Rechte, besonders das Wahlrecht, vertieft. Sie führten nach dem Augsburger Reichstag zu offenen Feindseligkeiten und Raub und Brand auf beiden Seiten. Es war vorauszusehen, dass Nieder-Bayern wegen seiner für beide Gegner wichtigen Lage eine entscheidende Bedeutung in der kriegerischen Auseinandersetzung mit Ottokar zukommen würde. Noch war der Böhme mächtiger als der König. Heinrich fühlte sich auf der böhmischen Seite stark und unterschätzte den seinen Einfluss vorschiebenden König, der die Ausfallbastion gegen Bayern und geistliche Mauer, die Ottokar im Westen um seine Länder gezogen hatte, zum Einsturz brachte. Da der Erzbischof von Salzburg, der neue Patriarch von Aquileja und die Bischöfe von Bamberg und Passau, sowie Ungarn und Tirol auf die Seite RUDOLFS traten, wurde Heinrich allmählich wankend. Auch der Papst mahnte ihn am 26. September 1274 zum Gehorsam gegen König RUDOLF. Schließlich entfremdete sich Ottokar seinen Bundesgenossen selbst im Streit um die Kurstimme. Durch Bemühungen König RUDOLFS und des Papstes kam es zu einer Begegnung der beiden Brüder in Nürnberg, die nach einem am 2. Februar 1276 geschlossenen Waffenstillstand am 29. Mai 1276 in Regensburg zu einem Vergleich führten. Auch als im Juni 1276 über Ottokar die Oberacht ausgesprochen wurde, trat Heinrich noch nicht aus der Reserve hervor. Erst als rundum der Abfall von Ottokar einsetzte, als der Burggraf von Nürnberg im August Eger eroberte, als Ottokar Kärnten, Krain und die Steiermark verlor und ein völliger Zusammenbruch bevorstand, erschien Heinrich im September 1276 in Regensburg in letzter Stunde vor der Eröffnung des Feldzuges vor RUDOLF, nahm sein Herzogtum von ihm zu Lehen und gab sein Bündnis mit Ottokar preis, aber nicht ohne sich Vorteile zu wahren, die das eigentliche Ziel seiner Politik offenbaren. Die Bedingungen Heinrichs waren: sein ältester Sohn Otto sollte mit Katharina, der jüngsten Tochter RUDOLFS, verheiratet werden, die Mitgift 40.000 Mark betragen. Als Pfand forderte er in Wahrnehmung alter Rechte und Ansprüche das Land ob der Enns. Ende September musste es ihm RUDOLF in Passau unter dem Druck der Lage, mit Zustimmung der anwesenden Fürsten, überlassen, nachdem Heinrich erneut mit Abfall gedroht hatte. Daraufhin öffnete Heinrich die Donausperren bei Straubing und Passau und gab dem König den Weg nach Wien frei, während Ottokar ihn im Nordosten Böhmens erwartete. Herzog Heinrich schickte ein Kontingent zum Reichsheer und rückte selbst ins Land ob der Enns ein, während RUDOLF gegen Wien marschierte, begleitet von Ludwig, der einen wesentlichen Anteil am militärischen Erfolg hatte, indem er Klosterneuburg im Handstreich nahm, den Weg zur Stadt damit frei machte und mit anderen Fürsten den Frieden vermittelte, der am 21. November 1276 zustande kam. Ohne eigentlich geschlagen zu sein, musste Ottokar, der über Heinrichs Abfall maßlos enttäuscht war, Österreich, die Steiermark, Kärnten, Krain und die Windische Mark, Eger und Portenau herausgeben. Heinrich hatte sein territoriales Ziel erreicht. Er nahm das von ihm besetzte Gebiet unter seine Verwaltung, urkundete in Linz, Steyr, Wels und anderen Orten, bestätigte Besitzungen und verlieh Freiheiten und gab Anweisungen an alle Amtleute im Land ob der Enns. RUDOLF versuchte wohl einen Ausgleich zwischen den beiden Brüdern anzubahnen, traf jedoch keine Anstalten, die Abmachungen von Regensburg und Passau durchzuführen und Heinrich auf seiner Seite zu halten, sondern ließ alles offen, so dass Heinrich seine Beziehungen zu Ottokar nicht aufgab und sich nicht scheute, von ihm schwere Geldsendungen anzunehmen. Heinrich glaubte, als der Endkampf herannahte, mit dem Land ob der Enns ein Faustpfand in der Hand zu haben und nahm eine durchsichtige Haltung ein. Während Pfalzgraf Ludwig vom Rhein herbeieilte, hinderte er den Bischof von Basel und schwäbische Hilfstruppen am Durchzug durch sein Land und stellte es gleichzeitig den Seinen frei, Ottokar Hilfe zu leisten. Er selbst nahm wie Ludwig am Kampf, der auf dem Marchfeld bei Dürnkrut am 26. August 1278 stattfand, nicht teil.
Heinrich sah sich jetzt nur noch einem der beiden Rivalen gegenüber, dem Sieger, der wohl von Anfang an den Sieg für sich und sein Haus auszunützen entschlossen war und nicht im entferntesten daran dachte, die wittelsbachischen Nachbarn bei der Neuordnung des Südostens zum Zuge kommen zu lassen. Obwohl sich Heinrich mit seinem Bruder Ludwig in der Handfeste von Vilshofen vom 23. Oktober 1278 aussöhnte, musste er im Mai 1279 auf das Land ob der Enns verzichten, als König RUDOLF ihn mit einer Heerfahrt drohte. Was Heinrich blieb, war am Ende die Braut für seinen Sohn Otto, aber ohne die seinerseits ausbedungene Mitgift, die jetzt auf 3.000 Mark heruntergesetzt wurde und für die ihm RUDOLF einige Burgen und Herrschaften, die Neuburg am unteren Inn, sowie Freistadt, Klingenberg und Mauthausen in Ober-Österreich nördlich der Donau als Sicherheit gab. Die territorialen Hoffnungen Heinrichs zerstoben in nichts. Wie 1246, so ging auch bei der Neuverteilung des Südostens 1282 das wittelsbachische Bayern leer aus.
Heinrich vermochte sich aus der Umklammerung durch Österreich, Salzburg, Tirol und den eigenen Bruder nicht mehr befreien. Am 2. Februar 1290 ist er gestorben, ohne seiner Politik eine neue Wendung gegeben zu haben. Sein großer außenpolitischer Erfolg war die Abwehr Ottokars von Böhmen in den Jahren 1257 bis 1273. In all seinen anderen politischen Plänen war er gescheitert, in der Kurfrage, im Streit um das fürstliche Erbe, in seinen großen territorialen Aspirationen. Nicht zuletzt weil ihm der Erfolg versagt blieb, erscheint er als unzuverlässig und unstet, als ein Störenfried am Rand der großen politischen Geschehnisse, als "Ersatz-Kurfürst", als "beharrlicher Zänker", zu Unrecht Er war nur in seinen politischen Mitteln beweglich und wandelbar, in der Zielsetzung war es beständig, auch waren seine Ziele klar erkannt und von der Teilhabe am Ganze und von Bayern her richtig gesehen. Vornehmlich er hatte die Folgen des Teilungsvertrags mit seiner Fiktion einer bloßen Nutzteilung und seinen Unklarheiten zu büßen. Sein eigentlicher Widersacher war sein Bruder, der aus Sorge um seine Machtstellung am Rhein und im Reich ihn niederhielt, meist auf der Seite seiner Gegner stand, wie zuletzt noch sein Bündnis mit ALBRECHT bewies, und es unterließ, im Zusammenwirken mit ihm die großen Möglichkeiten zum Tragen zu bringen, die die bayerische Vergangenheit in sich barg.